Действия игры разворачиваются спустя девять месяцев после событий Arkham City. Главный злодей — Пугало, который объявил о токсиновой атаке на Готэм-Сити, вызвав массовую эвакуацию населения, и с помощью таинственного Рыцаря Аркхэма решил объединить всех опасных злодеев города с целью уничтожить Бэтмена.