Фильм Мстители: Эра Альтрона содержит множество логических несоответствий и сюжетных дыр. Критика включает: несоответствия в силах Капитана Америки (необъяснимая сила при броске мотоцикла), нелогичное поведение персонажей (например, Ведьма не убивает Тони Старка, когда у неё есть возможность), технические противоречия (исчезновение стакана у Тора, неисправность системы Вероника), а также странные решения злодеев (Альтрон не использует полный потенциал своей силы против Мстителей). Также отмечаются проблемы с визуальными эффектами (например, необъяснимые способности Альтрона, такие как телекинез), сюжетные пробелы (отсутствие объяснений связи Альтрона с близнецами) и несоответствия в логике мира (например, почему Альтрон не контролирует интернет для атаки на Мстителей).