Фильм Прометей критикуют за множество логических несостыковок и сюжетных дыр: необъяснимые действия инженеров, нелепые диалоги, технические ошибки (например, неверный расчет времени полета кора, отсутствие научной достоверности (как ДНК растворяется в воде), нелогичные решения персонажей (например, почему Дэвид не может говорить на древнем языке), а также визуальные и сюжетные несоответствия (как инопланетянин помещается в тело инженера). Критики отмечают, что многие моменты выглядят как грехи сценария, подрывающие восприятие фильма.
