Фильм Бэтмен: Начало критикуют за логические несоответствия и нелепые сюжетные повороты. Среди главных грехов: случайные совпадения (Рэйчел в нужном месте в нужный момент), нелепые решения (использование испарителя вместо отравления воды), нелогичные действия персонажей (Бэтмен не спасает Рэйчел, несмотря на токсин) и абсурдные сцены (ниндзя, побеждённые пожилым дворником). Также отмечены проблемы с реализмом: летучие мыши днём, поезда для богатых в метро, неестественные реакции на травмы. Фильм полон клише и сюжетных дыр, несмотря на амбициозные идеи.
