Фильм Мегамозг критикуют за множество логических несоответствий и нелепых сюжетных ходов: инопланетяне говорят на английском, спасательные капсулы только для детей, злодеи случайно попадают в нужные места, а супергерой допускает абсурдные ошибки. Также отмечаются проблемы с визуальной логикой (невидимые камеры, мгновенные перемещения) и нелепые диалоги (например, соски с встроенными пушками). Фильм изобилует клише и сюжетными дырами, что делает его слабым с точки зрения логики и реализма.
